O Brasil só começou, verdadeiramente, a despertar a atenção do reino português, após a subida ao trono de D. João III, em 1521. Este rei interessou-se pela exploração do território, apesar de a coroa à época, não dispor de recursos suficientes para promover e financiar a colonização de uma linha de costa tão extensa, quanto a do Brasil.
A melhor solução encontrada pelo monarca, foi a de aplicar ali, o modelo já utilizado nas Ilhas da Madeira, Açores, Cabo Verde e São Tomé e Príncipe, entregando a colonização a privados [capitão-donatário], que deveriam tratar da sua exploração e colonização.
Ao contrário do obtido nas ilhas atlânticas, os resultados nas Capitanias Hereditárias existentes na costa brasileira, foram muito insípidos, tanto do ponto de vista econômico, como do ponto de vista estratégico. Salienta-se que, à época, ocorreu um aumento da pirataria e do corso francês.
A defesa estratégica da navegação ao longo da corrente oceânica que levava as naus para o “Caminho Marítimo para a Índia” também estava em perigo, com o crescente risco do surgimento de colônias francesas na costa brasileira.
Assim, em 1548, El Rei D. João III, passou a considerar o Brasil como um território muito importante para a defesa dos interesses do Reino, ao criar um governo centralizado, dotado de amplos poderes e com a missão de coordenar o esforço de colonização, garantir a defesa da costa, promover o comércio e facilitar o trabalho de evangelização das populações locais.
